La historia más extendida —y la más elegante— sitúa el nacimiento del Negroni en Florencia, en 1919. El conde Camillo Negroni, cliente habitual del Caffè Casoni, pidió al barman Fosco Scarselli que reforzara su Americano habitual sustituyendo el soda por gin. El barman añadió además una rodaja de naranja en lugar de limón para distinguirlo visualmente. El resultado fue tan satisfactorio que el propio Negroni acabó fundando una destilería para producir una mezcla premezclada bajo su nombre.
Esta versión está documentada por investigaciones genealógicas realizadas por Luca Picchi, jefe de barra del Caffè Giacosa de Florencia, y recogidas en su libro Sulle tracce del conte (2002), considerado la fuente más rigurosa sobre el origen del cóctel.
Existe también una versión alternativa que atribuye la creación a un general Pascal Olivier de Negroni en torno a 1857 en un club de caballeros parisino, aunque esta teoría carece de documentación sólida y la mayoría de los historiadores de coctelería la consideran apócrifa o, cuando menos, no verificable con las fuentes disponibles.
El Negroni fue adoptado rápidamente por la cultura del aperitivo italiano y se consolidó internacionalmente durante el siglo XX. Hoy es uno de los diez cócteles más pedidos del mundo según el informe anual Drinks International Cocktail Report.