La storia più diffusa – e più elegante – colloca la nascita del Negroni a Firenze nel 1919. Il conte Camillo Negroni, cliente abituale del Caffè Casoni, chiese al barista Fosco Scarselli di arricchire il suo solito Americano sostituendo la soda con il gin. Il barista aggiunse anche una fetta d'arancia al posto del limone per distinguerlo visivamente. Il risultato fu talmente riuscito che lo stesso Negroni finì per fondare una distilleria per produrre un gin premiscelato con il suo nome.

Questa versione è documentata da ricerche genealogiche condotte da Luca Picchi, capo barman del Caffè Giacosa di Firenze, e raccolte nel suo libro Sulle tracce del conte (2002), considerata la fonte più rigorosa sull'origine del cocktail.

Esiste anche una versione alternativa che attribuisce la creazione al generale Pascal Olivier de Negroni intorno al 1857 in un club per gentiluomini parigino, sebbene questa teoria manchi di documentazione solida e la maggior parte degli storici dei cocktail la consideri apocrifa o, quantomeno, non verificabile con le fonti disponibili.

Il Negroni è stato rapidamente adottato dalla cultura dell'aperitivo italiana ed è diventato popolare a livello internazionale nel corso del XX secolo. Oggi, secondo il rapporto annuale, è uno dei dieci cocktail più popolari al mondo. Drinks International Cocktail Report.