L'histoire la plus répandue — et la plus élégante — situe la naissance du Negroni à Florence en 1919. Le comte Camillo Negroni, un habitué du Caffè Casoni, demanda au barman Fosco Scarselli d'agrémenter son Americano habituel en remplaçant le soda par du gin. Le barman ajouta également une tranche d'orange à la place du citron pour le distinguer visuellement. Le succès fut tel que Negroni lui-même finit par fonder une distillerie pour produire un cocktail prêt à consommer sous son nom.
Cette version est documentée par les recherches généalogiques menées par Luca Picchi, chef barman du Caffè Giacosa à Florence, et rassemblées dans son livre. Sulle tracce del conte (2002), considérée comme la source la plus rigoureuse sur l'origine du cocktail.
Il existe aussi une autre version qui attribue la création du cocktail au général Pascal Olivier de Negroni vers 1857 dans un club parisien, bien que cette théorie manque de documentation solide et que la plupart des historiens des cocktails la considèrent comme apocryphe ou, du moins, non vérifiable avec les sources disponibles.
Le Negroni a rapidement été adopté par la culture italienne de l'apéritif et a acquis une popularité internationale au cours du XXe siècle. Aujourd'hui, il figure parmi les dix cocktails les plus populaires au monde, selon le rapport annuel. Rapport international sur les cocktails.